AI医疗开源工程仓库导航
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按医疗 AI 常见场景整理一批可复用的 GitHub 开源工程仓库，统一列出 Stars / Forks / Issues / 最近更新与许可，便于选型与复用。指标为 2026-08-10 GitHub API 快照，会随时间变化；商用前请复核 LICENSE 全文。非诊疗建议，亦非项目申报材料。
目录
- 一、表格格式规范
- 二、脑卒中与 SAP
- 三、院感与导管相关感染
- 四、传染病与病原基因组
- 五、肿瘤与医学影像
- 六、临床风险与多源融合
- 七、药物发现与分子材料
- 八、组学单细胞与微生物组
- 九、口腔数智化
- 十、卫生服务与数据治理
- 十一、移植免疫与再生索引
- 十二、心理评估与精神障碍筛查
- 十三、附录
- 十四、小结
分类速览
| 分类 | 核心场景 |
|---|---|
| 表格格式规范 | 统一列定义与填写约定 |
| 脑卒中与 SAP | 卒中后肺炎风险预测 |
| 院感与导管相关感染 | 7 日动态 landmark 预测 |
| 传染病与病原基因组 | 传播链、耐药、病毒组装 |
| 肿瘤与医学影像 | 影像 AI、多组学分层 |
| 临床风险与多源融合 | EHR/影像融合、OMOP 预测 |
| 药物发现与分子材料 | 虚拟筛选、对接、材料 |
| 组学单细胞与微生物组 | 机制研究通用底座 |
| 口腔数智化 | 口腔影像 AI、手术规划 |
| 卫生服务与数据治理 | OMOP、质量评估 |
| 移植免疫与再生 | 单细胞免疫、时空转录组 |
| 心理评估与精神障碍筛查 | MMPI 等量表作答与计分参考实现 |
| 附录 | 底座仓库、许可风险、镜像、勘误 |
一、表格格式规范
工程仓库表统一使用下列列（顺序固定）：
| 列名 | 含义 | 填写约定 |
|---|---|---|
| 仓库 | owner/name 可点击链接 | 指向 GitHub 仓库首页 |
| Stars | Star 数 | GitHub stargazers_count |
| Forks | Fork 数 | GitHub forks_count |
| Issues | 开放 Issue 数 | open_issues_count（含 PR 计数口径以 API 为准） |
| 最近更新 | 最近代码推送日 | pushed_at，YYYY-MM-DD |
| 调研日期 | 拉取指标的日期 | 本批统一 2026-08-10 |
| 许可 | SPDX / 文档声明 | 无法确认写 — 或 自定义 |
| 一句话 | 功能摘要 | ≤1 句，说清场景与能力 |
| 备注 | 商用风险、数据/模型是否公开等 | 可空 |
表头模板：
1
2
3
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|------|------:|------:|-------:|----------|----------|------|--------|------|
| [owner/name](https://github.com/owner/name) | 0 | 0 | 0 | YYYY-MM-DD | 2026-08-10 | MIT | … | … |
刷新指标时同步改「调研日期」列与文首说明；仓库更名/迁移时在备注注明原路径。
二、脑卒中与 SAP（卒中相关性肺炎）
SAP = Stroke-Associated Pneumonia。与下文 CLABSI 不是同一种疾病（肺炎 vs 血流感染），仅「约 7 日风险」等方法学思路可对照。
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| xumingjun5208/badged-lend | 2 | 0 | 0 | 2024-11-13 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 缺血/出血 SAP：病历文本(MacBERT-CNN)+结构化指标，Gradio Demo | 权重公开（HF）；多为静态一次预测，非滚动时点 |
| Safnov/1 | 0 | 0 | 0 | 2026-05-23 | 2026-08-10 | MIT* | ≥65 岁缺血卒中 SAP：多分类器 + SHAP，含 pipeline 权重 | 训练数据未公开；静态表格模型；README 称 MIT |
模型下载（公开）
| 资源 | 官方 | 国内镜像 |
|---|---|---|
| SAP 微调权重 | https://huggingface.co/donghao1234/badged-lend | https://hf-mirror.com/donghao1234/badged-lend |
| MacBERT 底座 | https://huggingface.co/hfl/chinese-macbert-base | https://hf-mirror.com/hfl/chinese-macbert-base |
1
2
3
$env:HF_ENDPOINT = "https://hf-mirror.com"
huggingface-cli download donghao1234/badged-lend --local-dir .\models\hf_badged_lend
huggingface-cli download hfl/chinese-macbert-base --local-dir .\models\macbert
三、院感与导管相关感染（CLABSI）
CLABSI = Central Line-Associated Bloodstream Infection（中心静脉导管相关血流感染）。可借鉴 landmark 每日滚动、预测未来约 7 天、竞争风险 等方法；迁到其他结局需重训。
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sibipx/CLABSI_prediction_models | 0 | 0 | 0 | 2025-02-07 | 2026-08-10 | MIT | EHR：每日 landmark 预测 7 日 CLABSI；RF/XGB 等 + SuperLearner | 数据与训练好模型未公开；论文见 BMC Infect Dis 2025 |
| sibipx/CLABSI_compare_RFSRC_models | 3 | 0 | 0 | 2024-04-26 | 2026-08-10 | — | RFSRC 二分类/多项/生存/竞争风险对比 | 方法学补充 |
四、传染病与病原基因组
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| nextstrain/augur | 277 | 134 | 265 | 2026-08-08 | 2026-08-10 | AGPL-3.0 | 实时系统发育 / 传播链重建 | 网络服务注意 AGPL |
| nextstrain/nextstrain.org | 96 | 54 | 83 | 2026-08-05 | 2026-08-10 | AGPL-3.0 | 传播可视化平台 | AGPL |
| cov-lineages/pangolin | 456 | 107 | 20 | 2026-07-25 | 2026-08-10 | GPL-3.0 | 病毒谱系分配 | GPL |
| nf-core/viralrecon | 165 | 156 | 63 | 2026-08-06 | 2026-08-10 | MIT | 病毒基因组组装与变异 | 友好 |
| tseemann/abricate | 506 | 105 | 28 | 2026-07-17 | 2026-08-10 | GPL-2.0 | 耐药/毒力基因筛查 | GPL |
| arpcard/rgi | 428 | 87 | 1 | 2026-05-20 | 2026-08-10 | 自定义 | CARD 耐药基因鉴定 | 商用需授权 |
| ncbi/amr | 383 | 51 | 11 | 2026-07-28 | 2026-08-10 | Public Domain* | AMRFinderPlus：AMR/毒力等基因预测 | 官方仓为 ncbi/amr |
| hivdb/sierra | 22 | 8 | 13 | 2026-07-04 | 2026-08-10 | GPL-3.0 | HIV 基因型耐药解释程序 | GPL |
五、肿瘤与医学影像
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Project-MONAI/MONAI | 8584 | 1598 | 534 | 2026-08-07 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 医学影像 AI 事实标准（分割/分类/配准） | 优先复用 |
| fepegar/torchio | 2430 | 274 | 35 | 2026-08-01 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 医学影像预处理与增强 | 亦见 TorchIO-project 组织 |
| cBioPortal/cbioportal | 1030 | 863 | 353 | 2026-08-07 | 2026-08-10 | AGPL-3.0 | 癌症基因组可视化与多组学探索 | AGPL |
| bowang-lab/IntegrAO | 62 | 15 | 0 | 2025-05-19 | 2026-08-10 | MIT | 不完整多组学整合与患者分层 | 友好 |
| BIMSBbioinfo/flexynesis | 110 | 36 | 12 | 2026-07-15 | 2026-08-10 | Modified MIT | 多组学生存/亚型深度学习 | 偏非商用 |
| Abdullah-I-Ali/OmicsFlow | 7 | 2 | 0 | 2026-06-13 | 2026-08-10 | MIT | MOFA+ + 生存 ML（Nextflow） | 友好 |
六、临床风险与多源融合
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| OHDSI/PatientLevelPrediction | 219 | 95 | 50 | 2026-07-23 | 2026-08-10 | Apache-2.0* | OMOP 患者层面风险预测 | 生态惯例 Apache-2.0 |
| OHDSI/DataQualityDashboard | 182 | 111 | 57 | 2026-08-09 | 2026-08-10 | Apache-2.0* | EHR 数据质量大量检查项 | 同上 |
| nyuad-cai/MedPatch | 8 | 0 | 1 | 2025-07-31 | 2026-08-10 | — | EHR+胸片+笔记多阶段融合 | 许可待确认 |
| vanderschaarlab/AutoPrognosis-Multimodal | 10 | 2 | 2 | 2024-09-03 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 表格+影像自动集成预后 | 友好 |
| starsman-lab/modality-aware-fusion-transformer-model-for-HF | 1 | 0 | 0 | 2026-07-06 | 2026-08-10 | — | 多模态 EHR 心衰风险 | 许可待确认 |
七、药物发现与分子材料
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| deepchem/deepchem | 6931 | 2280 | 1156 | 2026-08-03 | 2026-08-10 | MIT | 药物发现 / 分子性质预测工具链 | 友好 |
| gcorso/DiffDock | 1560 | 359 | 132 | 2025-05-02 | 2026-08-10 | MIT | 蛋白-配体分子对接（权重开源） | 友好 |
| chemprop/chemprop | 2431 | 755 | 14 | 2026-08-04 | 2026-08-10 | MIT* | MPNN 分子性质预测 | 文档常标 MIT |
| facebookresearch/esm | 4171 | 802 | 115 | 2024-02-07 | 2026-08-10 | MIT | 蛋白质语言模型 | 更新偏缓 |
| openbabel/openbabel | 1365 | 481 | 571 | 2026-08-08 | 2026-08-10 | GPL-2.0 | 化学格式转换 | GPL |
| materialsvirtuallab/megnet | 558 | 163 | 21 | 2023-04-27 | 2026-08-10 | BSD-3-Clause | 材料性质图神经网络 | 已迁移至 materialyzeai/megnet |
| deepmodeling/deepmd-kit | 2004 | 640 | 210 | 2026-08-08 | 2026-08-10 | LGPL-3.0 | 分子动力学 / DeePMD | LGPL |
八、组学单细胞与微生物组
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| scverse/scanpy | 2539 | 760 | 522 | 2026-08-06 | 2026-08-10 | BSD-3-Clause | 单细胞分析通用底座 | 优先复用 |
| scverse/scvi-tools | 1675 | 472 | 23 | 2026-08-09 | 2026-08-10 | BSD-3-Clause | 单细胞/空间深度概率模型 | 友好 |
| satijalab/seurat | 2783 | 995 | 222 | 2026-07-14 | 2026-08-10 | BSD* | R 单细胞多模态整合 | API 常为 NOASSERTION |
| theislab/scarches | 407 | 71 | 66 | 2026-06-26 | 2026-08-10 | BSD-3-Clause | 跨数据集参考映射 | 友好 |
| immunogenomics/harmony | 667 | 110 | 84 | 2026-06-05 | 2026-08-10 | GPL* | 单细胞批次整合 | GPL 风险 |
| nf-core/rnaseq | 1348 | 886 | 33 | 2026-08-07 | 2026-08-10 | MIT | RNA-seq 标准流水线 | 友好 |
| nf-core/sarek | 590 | 541 | 289 | 2026-08-10 | 2026-08-10 | MIT | WGS/WES 变异检测 | 友好 |
| pachterlab/kallisto | 769 | 183 | 213 | 2026-07-12 | 2026-08-10 | BSD-2-Clause | 快速 RNA 定量 | 友好 |
| biobakery/MetaPhlAn | 420 | 95 | 1 | 2026-08-05 | 2026-08-10 | MIT | 宏基因组物种组成 | 友好 |
| biobakery/humann | 250 | 74 | 13 | 2026-07-10 | 2026-08-10 | BSD* | 宏基因组功能通路 | — |
| microbiome/microbiome | 318 | 56 | 30 | 2026-05-12 | 2026-08-10 | Artistic-2.0* | R 微生物组统计 | — |
| rgcgithub/regenie | 267 | 69 | 145 | 2025-11-13 | 2026-08-10 | Custom | 大规模 GWAS | 友好倾向 |
| cuhklinlab/STIFT | 4 | 0 | 1 | 2025-12-16 | 2026-08-10 | MIT* | 时空转录组整合 | 文档称 MIT |
| yzf072/spaTrack | 43 | 4 | 5 | 2025-03-30 | 2026-08-10 | MIT | 空间转录组轨迹 | 友好 |
| MouseLand/cellpose | 2304 | 645 | 66 | 2026-06-14 | 2026-08-10 | BSD-3-Clause | 细胞分割 | 友好 |
| hehuifeng/PanoSpace-core | 3 | 1 | 0 | 2026-08-03 | 2026-08-10 | MIT | 空间转录组超分辨 | 友好 |
九、口腔数智化
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| isjinghao/OralAgent | 18 | 3 | 0 | 2026-06-03 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 口腔多模态影像推理 Agent | 友好 |
| CUHK-AIM-Group/ToothXpert | 8 | 2 | 0 | 2026-01-21 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | 全景片多病种检测+分割 | 友好 |
| dnt102/Slicer-FSP | 0 | 0 | 0 | 2026-08-09 | 2026-08-10 | Apache-2.0* | 种植/颌面手术规划（3D Slicer） | 文档称 Apache-2.0 |
十、卫生服务与数据治理
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| OHDSI/Achilles | 150 | 135 | 72 | 2025-12-02 | 2026-08-10 | Apache-2.0* | OMOP 数据库特征刻画 | 生态惯例 Apache-2.0 |
| OHDSI/CohortMethod | 89 | 69 | 17 | 2026-08-07 | 2026-08-10 | Apache-2.0* | 新使用者队列 / 观察性研究 | 同上 |
| EHDEN/CdmInspection | 13 | 16 | 12 | 2025-02-13 | 2026-08-10 | Apache-2.0 | CDM 质量检查与 ETL 审计 | 友好 |
| OHDSI（组织） | — | — | — | — | 2026-08-10 | — | OMOP 生态入口 | 组织页，无单仓指标 |
十一、移植免疫与再生索引
与 §八 仓库大量重叠；此处仅作场景入口索引，指标见组学章节。
| 场景 | 推荐入口 |
|---|---|
| 移植前后免疫细胞比较 | harmony、seurat、scarches、scvi-tools、IntegrAO |
| 组织再生轨迹 / 空间组学 | STIFT、spaTrack、PanoSpace、cellpose、scvi-tools |
十二、心理评估与精神障碍筛查
面向标准化心理量表作答、计分与常模展示的参考实现；用于理解流程与算法结构。正式产品须取得量表与常模授权，输出仅为筛查辅助。
| 仓库 | Stars | Forks | Issues | 最近更新 | 调研日期 | 许可 | 一句话 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMPI-CHN/MMPI-CHN.github.io | 138 | 14 | 20 | 2025-07-24 | 2026-08-11 | — | MMPI 相关浏览器端 JS 测验示例 | 学习流程用；商用需授权 |
| SHENGYUKing/MMPI_Test | 22 | 6 | 0 | 2020-07-01 | 2026-08-11 | Apache-2.0 | MMPI 测验 Python 实现示例 | 更新偏旧；代码参考 |
| LLAA178/mmpi2-CN-normals | 17 | 5 | 5 | 2025-11-09 | 2026-08-11 | — | MMPI-2 中国常模相关材料与结果展示参考 | 常模使用须合规 |
相关站点：https://mmpi-chn.github.io/
十三、附录
13.1 高复用「底座」仓库（跨病种）
- Project-MONAI/MONAI — 影像（8584★）
- scverse/scanpy — 单细胞（2539★）
- bowang-lab/IntegrAO — 多组学分层（62★）
- OHDSI — 临床大数据
- deepchem/deepchem — 药物/材料（6931★）
13.2 许可风险速查
| 级别 | 代表 | 说明 |
|---|---|---|
| ❌ 商用受限 | arpcard/rgi + CARD | 需书面授权 |
| ⚠️ AGPL | cBioPortal、Nextstrain | 网络服务衍生代码或需开源 |
| ⚠️ GPL | openbabel、abricate、pangolin、harmony、hivdb/sierra | 闭源集成需谨慎 |
| ⚠️ 非商用条款 | flexynesis | Modified MIT |
| ✅ 友好 | MIT / Apache-2.0 / BSD / Public Domain | MONAI、DeepChem、DiffDock、IntegrAO、OHDSI、ncbi/amr 等 |
13.3 国内 Hugging Face 镜像
- 站点：https://hf-mirror.com/
- PowerShell：
$env:HF_ENDPOINT = "https://hf-mirror.com"
13.4 选型备忘（方法学）
| 要点 | 结论 |
|---|---|
| SAP 类公开 Demo | 可作领域参考；常缺动态时点与精细分级，落地需改造 |
| CLABSI 与 SAP | 不同疾病；CLABSI 仓库更宜借 动态 landmark 思路 |
| CLABSI 开箱预测 | 通常 否：数据与训练好模型未必公开 |
| 影像 / 单细胞起步 | 优先 MONAI、scanpy 等底座 |
| 心理量表开源仓 | 宜作答题/计分流程参考；不能替代正版量表与常模授权 |
13.5 路径勘误
| 易误写法 | 正确仓库 | 说明 |
|---|---|---|
ncbi/amrfinderplus | ncbi/amr | AMRFinderPlus 官方仓 |
hivdb/hivdb-rw | hivdb/sierra | 原路径常 404 |
materialsvirtuallab/megnet | 可打开，API 常指向 materialyzeai/megnet | 已迁移 |
十四、小结
| 要点 | 结论 |
|---|---|
| 本文用途 | 按场景索引开源仓 + 许可与活跃度快照 |
| 指标时效 | 以调研日为准，商用前复核 LICENSE |
| 优先底座 | MONAI、scanpy、OHDSI、DeepChem 等跨病种复用 |
| 方法借鉴 | 动态 landmark（CLABSI）与静态 SAP Demo 勿混为一谈 |
| 心理评估 | MMPI 开源示例仅供流程参考，筛查系统须合规授权 |
本文由作者按照 CC BY 4.0 进行授权